O arranjo da UHE Amador Aguiar II é composto por uma barragem de terra na ombreira esquerda e em praticamente todo o leito do rio, sendo complementada por um muro de transição à esquerda da tomada d’água, ambos posicionados no braço direito do leito do rio. A casa de força é do tipo abrigada convencional, com galerias a montante e com os condutos forçados expostos. O comprimento total da barragem no leito do rio e na margem esquerda é de 1.000 m e o seu reservatório ocupa uma área de 45,11 Km2 e abriga um volume de 872,83 milhões de metros cúbicos de água (nível máximo normal).

A usina possui três grupos geradores com turbinas do tipo Kaplan de potência unitária de 70 MW e potência total instalada de 210 MW. A subestação de manobra, em 138 kV, foi posicionada no alto da ombreira direita, de onde partem quatro linhas de transmissão: duas linhas para a SE de Emborcação, uma linha para Araguari e uma linha para Uberlândia.