O monitoramento da ictiofauna é realizado com periodicidade quadrimestral. São 09 pontos amostrais, distribuídos nos reservatórios de Amador Aguiar I e II e Trecho de Vazão Reduzida (TVR) da UHE Amador Aguiar I. O objetivo do monitoramento é avaliar, em caráter quantitativo e qualitativo, a estrutura da comunidade ictiofaunística presente nos reservatórios do Complexo Energético Amador Aguiar e no Trecho de Vazão Reduzida (TVR) da UHE Amador Aguiar I.

Após captura, efetuada com redes de emalhar de tamanhos variados, os peixes são identificados, medidos e pesados ainda em campo. Em laboratório, as análises são refinadas, sendo avaliados os ovos, larvas, o conteúdo estomacal e determinado o estágio reprodutivo das espécies de interesse. Por meio dessa metodologia, torna-se possível avaliar riqueza, diversidade, abundância, comportamento alimentar e reprodutivo em cada ponto de coleta.

Os resultados obtidos no Programa de Monitoramento e Conservação da Ictiofauna permitem constatar que os reservatórios do Complexo Energético Amador Aguiar passam por um processo de reestruturação populacional e que a comunidade de peixes presente nesse trecho do rio pode ser caracterizada principalmente por espécies de pequeno a médio porte, sedentárias ou que realizam curtas migrações.